Berikut cara ke Labuan Bajo dari kota yang tersedia kapal milik PT Pelni yakni KM Tilongkabila, KM Binaiya dan KM Leuser:
a. Dari Bali
Jika memilih jalur laut dari Bali ke Labuan Bajo, Anda pertama-tama ke Pelabuan Benoa, Bali. Anda bisa menggunakan kapal PT Pelni yakni KM Tilongkabila, KM Binaiya dan KM Leuser.
Waktu tempuh ke Labu dari Pelabuhan Benoa sekitar 27 jam atau 1 malam perjalananan.
b. Dari Lombok
Dari Lombok, Anda melalui Pelabuhan Lembar menggunakan KM Tilongkabila yang ditempuh selama 22 jam atau selama 1 jam perjalanan
c. Dari Makassar
Jika Anda naik kapal dari Makassar ke Labuan Bajo, Anda berangkat dari Pelabuhan Makassar.
Namun, jadwalnya terbatas 2-4 kali saja dalam sebulan. Anda bisa menggunakan KM Tilongkabila, KM Wilis dan KM Binaiya yang ditempuh selama 22 jam atau semalam.
d. Dari Surabaya
Bila ke Labuan Bajo dari Surabaya, Anda bisa naik kapal Pelni langsung dari Pelabuhan Tanjung Perak. Jadwal kapal cukup terbatas, hanya ada beberapa kali dalam sebulan dengan menggunakan KM Leuser.
Waktu tempuh perjalanan dari Tanjung Perak Surabaya ke Labuan Bajo ialah sekitar 3 hari 2 malam. Ini karena kapal terlebih dahulu singgah di di Pelabuhan Benoa, Bali dan Pelabuhan Bima, NTB.
Namun, selain kapal Pelni, juga terdapat kapal jenis Roro Ferry yang langsung ke Labuan Bajo tanpa perlu singgah di Bali atau Bima, yakni KM Niki Sejahtera.
Jadwal kapal ini juga jauh lebih banyak, yakni setiap sekali seminggu.